Biopaliwa budzą duże kontrowersje w Unii Europejskiej. Część państw członkowskich i część europejskich Zielonych skutecznie opiera się ich promocji. Ostatni, wciąż rozważany "pakiet" propozycji pochodzi z 7 listopada 2001 roku.
Pakiet zawiera dwie propozycje nowych unijnych dyrektyw. Pierwsza to zapis o promocji paliw zastępczych i o redukcji opodatkowania biopaliw, druga to "strategia" działania do 2020 roku.
Unia Europejska w ramach promocji zwraca uwagę na rolę jaką mogą odegrać biopaliwa. Ich zastosowanie ma przede wszystkim duże znaczenie dla ekologii. Eksperci Komisji Europejskiej orzekli, że stosowanie biopaliw – nawet tylko jako dodatku do tradycyjnej benzyny czy oleju napędowego – wydatnie zmniejsza emisję dwutlenku węgla. Ale to również wymiar gospodarczy – stosowanie biopaliw zmniejszy zależność Unii od importu ropy naftowej, pomoże także rolnictwu i będzie sprzyjać tworzeniu nowych miejsc pracy na wsi.
Mimo wymienianych zalet stosowania biopaliw osiem państw członkowskich nadal kwestionuje pomysł, żeby narzucić obowiązkowy minimalny odsetek ekopaliw w globalnej wartości sprzedawanych co roku paliw: 2% w 2005 roku i 5,75% w 2010 roku. W 2000 roku ten odsetek dla całej Unii sięgał zaledwie 0,24% (łączna unijna produkcja biopaliw sięgnęła 700 tys. ton, co stanowiło ok. 5% produkcji światowej).
Najwyższy odsetek produkcji osiągnęła Francja. W czołówce są także Szwecja, Austria, Włochy i Niemcy. Ale nadal w większości państw członkowskich w ogóle nie produkowano jeszcze biopaliw.
Główne obawy odnośnie biopaliw sięgają kwestii formalnej. Większość krajów obawia się, że nie zdoła osiągnąć ambitnego odsetka zużycia minimalnego. Ala zdarzają się też zarzuty skierowane bezpośrednio w argumenty przemawiające "za". Rząd belgijski pod wpływem swojej partii Zielonych kwestionuje na przykład zbawienny wpływ biopaliw na środowisko naturalne, wskazując na groźbę dalszej intensyfikacji rolnictwa i negatywne skutki tego zjawiska dla środowiska.
Prócz względów ekologicznych, w rozwijaniu dotowanej produkcji biopaliw z oleju rzepakowego, sojowego czy słonecznikowego, a także ze zbóż czy z buraków cukrowych (bioetanol), przeszkadza porozumienie na forum Światowej Organizacji Handlu o ograniczeniu subsydiów dla rolnictwa. Argumentem przeciwko rozpowszechnianiu paliw z domieszką są też finanse związane z kosztami przystosowania silników i rozbudowy sieci stacji dysponujących (dodatkowy koszt zastosowania 1000 litrów biopaliwa zamiast paliwa tradycyjnego szacuje się – przy cenie baryłki ropy naftowej 25-30 euro – na 250-300 euro, a biopaliwa stałyby się konkurencyjne dopiero przy cenie baryłki ropy rzędu 70 euro).
Komisja Europejska posługuje się też w debacie nad biopaliwami argumentem, że rozwój ich produkcji byłby korzystny dla nowych państw członkowskich, takich jak Polska. W raporcie o biopaliwach z listopada 2001 napisano: Dysponują one większą powierzchnią użytków rolnych niż obecne państwa członkowskie, a zużycie benzyny i oleju opałowego jest u nich wciąż niższe w przeliczeniu na jednego mieszkańca. Uprawa roślin przeznaczonych do produkcji biopaliw ułatwi integrację rolnictwa tych krajów z obecnymi państwami członkowskimi.