Zgodnie z wymaganiami Unii Europejskiej działające w ramach urzędowej kontroli żywności laboratoria powinny być jednostkami akredytowanymi (Dyrektywa Rady Nr 89/397 z 1989 r., Dyrektywa Rady Nr 93/99 z 1993 r.).
Laboratorium CIS w Gdyni otrzymało certyfikat akredytacji nr L 285/1/200 z dniem 24.03.2000 przez Polskie Centrum Badań i Certyfikacji (PCBC) oraz rozszerzenie zakresu akredytacji z dniem 10.10.2001 przez Polskie Centrum Akredytacji (PCA - PCBC po rekonstrukcji).
Laboratorium CIS w Poznaniu jest także akredytowane w PCA (Polskie Centrum Akredytacji).
W obu laboratoriach zostały dokonane zmiany strukturalne i organizacyjne wynikające z GLP (Good Laboratory Practice), zgodnie z którą pracują wszystkie laboratoria unijne. Zarówno laboratorium w Gdyni, jak i w Poznaniu wdrożyło zasady działania oparte na normie EN 45001, obowiązującej także w krajach Unii Europejskiej.
Przygotowywana jest koncepcja zbudowania granicznego laboratorium w Białej Podlaskiej, które będzie pracować na zasadzie "laboratorium filtrującego" w przypadku przeniesienia granicy Unii Europejskiej na wschód.
Wszystkie trzy ww. laboratoria objęte są programem Phare 2000PL0006.07, mającym na celu wzmocnienie kontroli jakości żywności.
Aktualnie CIS ubiega się o akredytację laboratoriów w systemie Federacji Rosyjskiej GOST R i GOSSANEPIDNADZOR.